近年来，市中区畜禽养殖业以规模畜禽养殖为重点，狠抓污染减排和清洁水源，大力推进畜禽养殖污染治理工作。目前，在水口、悦来、棉竹等乡镇已完成禁养区内的养殖场搬迁或关闭8家，养殖污染治理工作成效显著。
      一是完成了养殖区域划分。按照《畜牧法》有关规定，坚持“减量化、资源化、无害化”原则，积极优化畜牧产业发展布局，确保生产发展与环境保护并重。制定了市中区《畜禽养殖管理办法》，明确了畜禽养殖适养区、限养区和禁养区范围；预计在2017年底之前全面完成市中区禁养区内养殖场的搬迁或关停目标。
       二是严格实行“环评”“三同时”制度。严格按照全区土地利用总体规划安排畜禽养殖用地选址，对近几年纳入国家政策扶持对象的新建养殖场(小区)，严格实行“环评”“三同时”制度，由畜牧、环保、规划等有关部门到现场规划、选址，并审核许可后允许其修建；对原已建成的畜禽规模养殖场严格按照环境保护有关要求进行整改，保证污染物达标排放，防止污染环境。截至2015年底，全区投入规模养殖场粪污治理资金2000余万元，实施规模化畜禽养殖场污染限期治理项目3个、建成养殖场二级生化污水处理站5座，建成沼气池、沉降池、干粪堆肥场等粪污处理设施超过75000立方米，狐尾藻生态湿地5000平方米。
       三是初步建立了畜禽标准化养殖等项目资金管理制度。在编制畜禽标准化养殖等项目资金方案时，优先安排财政资金用于养殖场粪污处理设施建设。据统计，2011年以来，累计用于畜禽污染治理方面的项目资金达到958.95万元，带动社会资本投入养殖污染资金超过1000万元。